Uma das principais diferenciações entre assistência judiciária e assessoria jurídica está na compreensão de que as demandas jurídicas vão além do Poder Judiciário, passando especialmente pelo empoderamento político dos atendidos pelo serviço do SAJ - atualmente uma das atividades de Extensão da Faculdade de Direito da Universidade Federal do Rio Grande.
O modelo de trabalho passa por três eixos fundamentais: assessoria popular, busca pela cidadania e atendimento jurídico.
Assessoria Popular considerando a comunidade pesqueira artesanal uma cultura que pertence ao patrimônio histórico cultural do Município aos moldes da Constituição Federal e do Plano Diretor, ou seja, a pesca e pescador artesanal representam força e tradição na comunidade rio-grandina e região capaz de representar um cotidiano típico àqueles que aqui vivem e sobrevivem da pesca. O trabalho dos acadêmicos e professores do AJUPESCA parte do respeito ao conhecimento tradicional e interferência na medida das necessidades desde que não interfira naquilo que melhor representa a vida e o trabalho neste setor produtivo.
A busca pela cidadania marcam uma atividade que visa a emancipação social de forma que cada vez mais os atendidos sejam esclarecidos sobre seus direitos e possam agir com autonomia ante seus problemas. O cidadão esclarecido recorre à Justiça no exercício de sua realidade conhecendo cada vez mais o acesso à garantia de seus interesses difusos e coletivos.
O atendimento jurídico demonstra a preocupação com a ação no sentido de sair do Judiciário e habilitar os pescadores a resolução de seus conflitos no âmbito social, político, administrativo e também jurídico, não se resumindo ao conflito oriundo de ações judiciais mas no sentido de mediar relações cotidianas na medida em que se aumenta a capacidade de compreensão do pescador de seus problemas e modos de resolução quando encontra o caminho do acesso à Justiça e aos seus direitos individuais, sociais e culturais, coletivos e difusos.